从秦汉至唐宋，朝廷在边疆地区实行的基本上是羁縻制度，同时在条件成熟的时候又会将羁縻地区变为郡县。羁縻制度的实质是间接管理，即朝廷不在边疆地区设置正式的行政区划，而委托当地首领进行治理。
土司制度比羁縻制度更进了一层，变间接治理为直接管辖，当然这一制度比起郡县制还是有较大区别，但已经朝着正式行政制度的方向迈进一大步。再经过改土归流，边疆彻底纳入朝廷的管辖范围。
一、元代土司
元代有朝廷指派蒙古官员达鲁花赤进驻各地，以便实现少数的蒙古人对广大汉人的治理。同样，在西南少数民族地区，也有达鲁花赤与土官的联合治理。
尤其在蒙古军队征服淮南地区以前，已经攻占云南，因此，由达鲁花赤参与治理的土官组织还产生于元代各级地方政权建立之前。至元十一年，云南行省平章政事赛典赤·赡思丁就以当地土酋信苴日为大理总管，在西南地区建立第一个土司总管府。
赛典赤·赡思丁
元代的土司制度较为复杂。原本在行省制度中，以宣慰司作为行省派出机构，管理远离省会的郡县，如同一个分省，其职权是：
“掌军民之务，分道以总郡县行省由政令则布于下，郡县有请则为达于省——《元史》”
在宣慰司管理的少数民族地区，其下还设有安抚司、宣抚司、招讨司等机构，这三司都是正三品，只是配备的官员数目不同。后来所谓的“土司”，是因为安抚司、宣抚司、招讨司所管理的少数民族地区，下属有土路、府、县的原因，而且此三司官员可以“参用其土人为之”。当然，少数边疆地区的宣慰司也是土司的一种，但因为正式郡县地区也有宣慰司，所以宣慰司并非全是土司，而安抚等三司则是名副其实的土司。
此外，宣慰司本身还因管理地区和事务的不同而有组织方面的区别，有宣慰使司都元帅府、宣慰使司、宣慰使监管军万户府等名目的差异。宣慰使司仅设置于内地，而另外两者则有设置于边疆地区，如云南行省就设有大理金齿等处宣慰使司都元帅府、曲靖宣慰使监管军万户府等。
从官员的品级来看，安抚、宣抚、招讨三司的级别与正式政区的路相当。在宣慰与安抚三司之下则设有路军民总管府、路军民府以及路、府、州、县等土官组织。在这之下还设有更低级别的诸蛮夷长官司：
“西南夷诸溪洞各置长官司，秩如下州——《元史》”
长官司的达鲁花赤、长官、副长官，是“参用其土人为之”，并非完全由流官担任。以云南为例，各级土司的层级结构如下：
元代土官可以做到比较高的职位，如信苴日在至元十八年时做到大理威楚金齿等处宣慰司、都元帅的高位。至于任职安抚使、宣抚使、长官、总管、土知府者数量更大。
二、明代土司
明代继承了元代的土司制度，并更加完善。虽然皇帝已经改姓，但土官却继续存在。
“洪武初，西南夷来归者，即用原官授之，以劳绩之多寡，分尊卑之等差——《明史》”
同时，有按照少数民族聚居地的大小设置土司衙门，即所谓“因其疆域，参唐制，分析其种落”。为了加强对土司的管理，朱元璋将土司分为武职土司与文职土司两个系统，并以武职土司为主，上系于各省都指挥使司，再达兵部；以文职土司为辅，属各省布政使，再达吏部。
武职土司宣慰使司、安抚司、宣抚司、招讨司、长官司与蛮夷长官司，其中的宣慰司在明代专为边疆土著而设立，不设与内地正式郡县；文职土司即军民府、土州、土县。
明代中期以后，文职土司的地位有所提升，可以管辖武职土司，如永昌军民府就下辖三个长官司、四个安抚司。
出了文武两种土司，明代还有卫所土司，因明代创建“都司—卫—所”的军事制度，在边疆和内地都有不设郡县只设卫所的情形，在这些地区有时又是少数民族聚居地，于是设在这些地区的卫所就被称为卫军民指挥使司、军民千户所。这些卫所的官员也“参用土人”，任命为土指挥使、土千户等。
武职土司衙门的长官和佐贰官员由土著首领担任，品级较低的流官则负责经历司，掌握该土司地区的户口、田亩、钱粮赋税和军备状况。而在文职的土司衙门中，不但经历有流官负责，连管贰官员也有担任。各省都司与布司就依靠这些流官控制土司。
明代的武职土司名目与元代土司基本相同，但土司官员的品级却下降了二到五级不等：元代的宣慰使从二品，明代从三品；元代的安抚使、宣抚使、招讨使都是正三品，而明代的宣抚使为从四品，安抚使与招讨使则降为从五品，这明显是加强朝廷权威的措施。
三、清代土司
清代土司制度基本上沿袭明代，所有土司机构基本上设置于顺治、康熙两朝。顺治十五年下诏书：
“各处土司……凡未经归顺，今来投诚者，开具原管地方部落，准予照旧袭封——《清世祖实录》”
同时，在清代还有新的少数民族首领归附，产生新土司，比如康熙三十九年，贝和诺上疏请归。除了从明代继承旧职的各级土官千家左右外，清代新增土司700余家。
虽然土司官员的职位世代相传，但从元朝到清朝，承袭的规则逐渐严格与规范，体现了朝廷对土司的控制逐渐加强。元代土司官员承袭需要朝廷批准，否则就会问罪；明代确定了承袭人的范围以及承袭原则。
清代承袭的规定更加严密，不仅规定承袭需按照宗支嫡庶次序，而且规定了承袭人的具体年龄，“土官子弟，年至十五，方可承袭”。承袭手续也复杂化：承袭人需将顶辈宗图、亲供、地方官并邻封土司甘结以及原领号纸，详报督抚，由督抚具题请袭。
四、改土归流
土司制度的建立本就是一种权宜之计，是朝廷无力直接管辖边疆少数民族地区的暂时性措施。
土司制度相比郡县制，自然是一种落后的形态，在土司治下的人基本都是农奴或奴隶地位，土司地区的生产方式与生活方式也相对落后。土司治理，从实质上来看，是一种半割据状态，与朝廷的集权很难兼容。因此，一旦条件具备，朝廷就会采取措施，将土司制度改为郡县制，将土官改为流官，即改土归流。
明朝中期，社会稳定，朝廷有了一定的实力，于是开始了改土归流工作。改土归流的理由一般是因土官犯法，或土官无后，或借口“不系世袭”（承袭人不合法），因此，裁撤土司改任流官。
但改土归流侵犯了土著首领的利益，必然招致激烈反抗。当镇压力量不足时，明朝又采取“众建诸蛮”的措施，即将土司领域划小，以削弱其反抗力量。比如，广西的田州、思恩两土司，势力较大还经常挑事，明朝在平息他们的叛乱后，就将两处的区域划分成许多小区域，设立许多小土司，分而治之。
经过明朝中期开始的这些措施，土司的势力在很大程度上被削弱。清朝延续了明朝的改土归流工作。
清军在进入西南地区后，改土归流就开始展开。如顺治十六年，云南元江土知府那嵩反抗清军，被吴三桂平息，该府就被改为流官。
大规模的改土归流是从雍正四年开始的，当时，清廷派遣鄂尔泰为云贵总督，负责云南、贵州、广西的改土归流工作。五年后，鄂尔泰完成此三省的改土归流工作：
“自四年至九年，蛮悉改流，苗亦归化。间有叛逆，旋即平定——《清史稿》”
乾隆初年平定大小金川土司叛乱后，设置阿尔古厅、美诺厅，四川西北部土司也完成改土归流。至此，除少数“有捍卫之劳，无悖叛之事”的土司有所保留外，大清疆域内的改土归流工作基本完成。
鄂尔泰
改土归流是大趋势，对统一多名族国家的发展，对西南边疆地区的巩固，有不可低估的历史意义。
参考文献：《元史》《清史稿》《地方行政制度史》
