元至正二十一(元1361年)正月,朱元璋被小明王封为吴国公。
此后,朱元璋模仿元朝的中央机构体制,对所辖机构进行改造。
元朝在京师设立中书省,总领百官,处理全国政务;在地方设立行中书省,掌管辖区内的军政事务。
元朝的枢密院“掌天下兵甲机密之务”(《元史·志·百官》),是全国最高军事机构,地位低于中书省,“秩从一品”(《元史·志·百官》)。而中书省设右丞相、左丞相各一名,均为正一品。
元朝初期有征伐之事,才在地方设立行枢密院,不过只是临时机构,属于战时编制,“事已则罢”(《元史·志·百官》)。
元至正二十一(元1361年)三月,朱元璋改江南行枢密院为大都督府,是当时最高军事机构,任命侄子朱文正为大都督,“节制中外诸军事”(《明太祖实录》)。
朱元璋把先前设立的分枢密院为改中书分省,陆续调一批高级武将入中书省,邵荣为中书省平章政事,徐达为中书省右丞,邓愈、常遇春为中书省参政,汤和为中书左丞;由行中书省统辖地方军队。
元至正二十二年(公元1362年 )二月, 朱元璋改中书分省为浙东等处行中书省,任命李文忠为左丞,统率衢州、处州、广信、严州、诸全的兵马。
元至正二十四年(公元1364年 )正月,朱元璋在应天府自称吴王,设置中书省,封李善长为右相国、徐达为左相国,均为正一品;此时与元制一样,右在左上,李善长在徐达之上。常遇春和俞通海被封为平章政事;三月,汤和被封为平章政事。平章政事为从一品,参知政事从二品。
三月,朱元璋确立大都督府官制,大都督从一品,左右都督正二品,同知都督从二品,副都督正三品,佥都督从三品,经历从五品,都事从七品。
确立各行省官制,平章政事从一品,左右丞正二品,参知政事从二品;与中书省平章政事、左右丞、参知政事的级别相同,这一点也与元制一样。
确立都镇抚司官制,都镇抚从四品,副镇抚从五品,知事从八品。
确立金吾侍卫亲军都护府官制,都护从二品,经历正六品,知事从七品,照磨从八品。
确立统军元帅府官制,元帅正三品,同知元帅从三品,副使正四品,经历正七品,知事从八品,照磨正九品。
确立各万户府官制,万户正四品,副万户从四品,知事从八品,照磨正九品。
确立各卫亲军指挥使司官制,指挥使正三品,同知指挥从三品,副使正四品,经历正七品,知事从八品,照磨正九品;千户所正千户正五品,副千户从五品,镇抚、百户正六品。各卫下辖一定数量的千户所,这是一种驻防体系,而非战时编制。
下令废置设在各地的翼统军元帅府,设立武德、龙骧、豹韬等十七卫亲军指挥使司。后来,随着朱元璋势力范围的不断扩大,在各地陆续设卫。
不久,朱元璋任命统军元帅郭子兴(不是朱元璋的岳父)为鹰扬卫指挥使,傅友德为雄武卫指挥使,左翼右副元帅金朝兴为龙骧卫指挥同知。
四月十一,朱元璋又下令改各门总管府为千户所,设正副千户各一名。
针对归降将领仍沿用旧官职造成的混乱,朱元璋规定部伍法,部下满五千者为指挥,满一千者为千户,满一百者为百户,满五十者为总旗,满十人为小旗。
十月,省都镇抚改隶于大都督府,秩从四品,掌调各门守御千户所。撤掉金吾侍卫亲军都护府、统军元帅府、万户府,相应职责归于大都督府,“革金吾侍卫亲军都护府、统军元帅府、万户府、并都护府断事官、知事于大都督府”(《明太祖实录》)。设置拱卫司,负责统领校尉,隶属于大都督府,正七品。
大都督朱文正派遣参政何文辉、指挥薛显等人征讨新淦邓仲谦,令平章汤和率兵征讨江西永新诸山寨。虽然大都督和中书省平章都是从一品,但统兵权在大都督手里,平章汤和受大都督朱文正的指挥调遣。
元至正二十七年(公元1367年 )十月朱元璋下令改百官礼仪,不再与元制相同,左在右上。
调整大都督府的官制,大都督府不再设大都督一职,左右都督正一品,同知都督从一品,副都督正二品,佥都督从二品,参议正四品,经历断事官从五品,都事正七品,照磨从七品。
自此,大都督府左右都督与中书省左右丞相的级别相同,均为正一品。
调整内外各卫指挥使司的官制,佥事、宿卫、镇抚从四品,各卫镇抚从五品,千户所镇抚从六品,各卫知事正八品,宿卫、知事从八品,断事官、提控案牍的级别由各行省规定,其余官职的级别不变。
综上所述,自称吴王后,朱元璋调整军事机构,规定各级军事机构官制,确立严明的等级制度和隶属关系,初步建立卫所制度。卫所制度是明朝最主要的军事制度,朱元璋这次对军事制度的全面改革影响深远。