顺治十八年（1661）正月初七日，年仅二十四岁的顺治帝病死在紫禁城的养心殿，其遗诏中写道：
顺治帝遗诏：
朕子玄烨佟氏妃所生，年八岁，岐嶷颖慧，克承宗祧，兹立为皇太子，即遵典制，持服二十七日，释服，即皇帝位。
根据遗诏，顺治帝的皇三子玄烨于顺治十八年（1661）正月初九日在太和殿即位，当上了皇帝，年号“康熙”，其中“康”表示“安宁，平静”的意思，“熙”则表示“兴盛繁荣”，“康熙”这两个字合在一起就是“万民康宁、天下兴盛”的意思。虽然玄烨当上了皇帝，但是他的年龄仅有八岁，即位后当时暂时居住在保和殿。
玄烨的即位，没有经过皇太极即位时采用的推举制，也没有经过顺治帝即位时剑拔弩张的你死我活的争夺，他的即位是顺治帝与生母皇太后协商的结果。然而，这协商的过程，却是颇有内幕，并不是一帆风顺的。
清初，皇位的继承，并未规定必须父传子，而非子不传。而顺治帝病重时，虽然生育了8个儿子，有6个活着的，但孩子的岁数都很小，最大的皇二子才九岁，最小的皇八子才两岁。于是，顺治帝倾向于在自己的本家宗室兄弟中选择一位继承者，以此避免因皇帝年幼而再次出现皇权旁落的现象。对于顺治帝的这种担心想法，他的生母孝庄文皇后却不以为然，她认为，子继父位乃是天经地义，大清国皇位的继承者必须在顺治帝的皇子中选择，这样，一来可以使新皇帝的血脉是得自皇太极和顺治帝的直系血统；二来新皇帝也是自己的亲孙子，身上也会流淌着自己的血脉。虽然顺治帝的11个兄弟中还有5个，但这5个兄弟皆不是皇太后所亲生。如果让他们中的一个人继承了皇位，那么这个人死后的皇位继承人，则不可能是顺治帝的儿孙，因此，流着孝庄文皇后血脉的顺治帝子孙，今后势必与皇位永远无缘了。入关已18年的皇太后受汉族儒家文化的影响，认为如果因自己孙子岁数小而就此失去了皇位继承的权利，这是万万使不得的。因此她有必要并且是必须要采取措施给予制止，其措施就是直接否定顺治帝的初衷想法。
为了达到自己的这一目的，孝庄文皇后求助了一个叫汤若望的洋人。对此，《汤若望传》上有这样的一段记载：
……一位继承的皇子尚未诏封，皇太后立促皇帝作这一件事情。皇帝想到了一位从兄弟，但是皇太后和亲王们的见解，都是愿意皇帝由皇子中选择一位继承者。……这样皇帝最后……封一位庶出的、还不到七岁的皇子为帝位之继承者。当时为促成这一决断所提出的理由，是因为这位年龄较幼的太子，在髫龄时已经出过天花，不会再受到这种病症的伤害。
从上段文字中可以看出，顺治帝的皇三子玄烨能当上皇帝，是因为皇太后和宗室都反对顺治帝的想法，即新皇帝在顺治帝从兄弟中选出，而是赞成子继父位的继承方式。于是，顺治帝选定了自己的一个皇子为新皇帝，其理由是他已经出过天花，不再会得天花病了。
