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求NCBI资源查询与应用 ncbi基因组资源

2021-04-08知识1

NCBI简介及序列编号说明 去文库,查看完整内容>;内容来自用户:左右手博弈一:NCBI简介NCBI的GenBank与DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库,每日都交换更新数据和信息,并主持两个国际年会-国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议,互相交换信息,因此三个库的数据实际上是相同的。GenBank有来自于70,000多种生物的核苷酸序列。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。(是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立的DNA序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划(Benson等,1998)。Entrez是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。Entrez是由NCBI主持的一个数据库检索系统。它包括核酸,蛋白以及Medline文摘数据库,在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此,可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献,而且,每个条目均有一个类邻(neighboring)信息,给出与查询条目接近的信息。DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号,信息来源主要是日本的研究。

请教哪位朋友能帮我或教我向NCBI提交一个基因序列。 向GenBank提交数据提交序列有两种方式,一个是在线的页面提交序列bankit,另一个是通过NCBI的Sequin软件提交序列。从使用方便性上来说,两者均需要填写所必须的各项资料,也都是很麻烦,但后者也以同时提交多项序列,而且不会因为网络错误而导致已填写的数据丢失,还是更有利一些。使用起来都是比较简单的,按照页面或者软件的说明一步一步填写即可。提交序列后,系统会暂时给你分配一个临时的序列号,等到你的序列经过初步审核后会得到正式的Genbank序列号或登录号。你可以对你的序列随时进行修改和补充其他相关资料。关于提交序列数据,收到 accession number,和对纪录作更新的一般信息。BankIt-用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用 VecScreen 去除载体)Sequin-提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的\"network aware\"模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)ESTs-表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE 实验的 cDNA 序列。GSSs-。

genbank如何使用?用RNA seq测到序列,编码如XLOC_000501,在genbank中怎么查找?从哪一栏中进入呢 从哪一个检所选项中搜索?GenBank Overview 基本信息?什么是GenBank?。

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